Основна місія університету полягає у наданні освітніх послуг за трьома рівнями вищої освіти на підставі новітніх наукових здобутків у широкому міжнародному контексті відповідно до європейських тенденцій у цій галузі, Болонської декларації та інших документів. УПЙШ в Кошицях має статус дослідницького університету, на базі якого здійснюються наукові дослідження міжнародного значення, що є конкурентоспроможними у словацькому і закордонному науково-дослідному середовищі. Університет залучений до європейського науково-дослідного середовища через реалізацію міжнародних наукових проектів, виконання двосторонніх і міжурядових договорів, наприклад, із швейцарським центром ЦЕРН у Женеві, «European XFEL GmbH», «DESY» (Німецький електронний синхротрон) у Гамбурзі та іншими науково-дослідними центрами.
На підставі результатів комплексної акредитації, проведеної Акредитаційною комісією СР у 2015 році, УПЙШ в Кошицях належить до 4-ох найкращих університетів у Словаччині. У рейтингу факультетів словацьких вишів, складеному Академічною агенцією ранжування і рейтингу (ARRA) у 2015 р. високі щаблі займають факультети УПЙШ в Кошицях. Згідно з даними рейтингу міжнародної наукової ефективності URAP 2015-2016 (University Ranking by Academic Performance), Університет посів 2 місце у Словаччині в базі даних «Web of Science» (WoS).
Сьогодні в УПЙШ є 5 факультетів – медичний, юридичний, філософський факультети, факультет природничих наук і факультет державного управління. Тут готують лікарів, фахівців у галузі природничих дисциплін, фізики, хімії, географії, математики, інформатики, викладачів, юристів, фахівців у галузі державного управління, філософії, іноземних мов, етики, психології, історії, політології і соціальної роботи. Крім вказаних п’яти факультетів, Університет в межах Інституту фізичного виховання надає освітні послуги за навчальною програмою у галузі спорту. Випускники цього другого найстаршого класичного словацького університету мають добре реноме в Словаччині й за кордоном.
Університет надає повну вищу освіту за гуманітарними, природничими, юридичними та медичними галузями наук. Університет пропонує 109 бакалаврських навчальних програм, 67 магістерських навчальних програм і 42 навчальні програми для здобуття наукового ступеня «PhD». Це єдиний університет, який пропонує студентам Сертифіковані міждисциплінарні блоки, що складаються з предметів окремих факультетів, після закінчення яких студенти отримують міжнародні сертифікати. В межах програми «Erasmus+» Університет пропонує студентам різні можливості стажування і навчання за кордоном в університетах-партнерах.
Університет ім. Павла Йозефа Шафарика в Кошицях бере участь у будівництві Університетських наукових парків та науково-дослідних центрів, як-от: MEDIPARK – Медичний університетський науковий парк у Кошицях, PROMATECH – Науково-дослідний центр прогресивних матеріалів і технологій, а також TECHNICOM (партнером є Технічний університет в Кошицях). В Університеті працюють 3 команди науковців високого рівня – Квантовий магнетизм і нанофізика «QMAGNA» на факультеті природничих наук, Команда дослідження біоактивних речовин для біомедичного застосування (Bioaktiv) на факультеті природничих наук та Висококваліфікована команда дослідження атеросклерозу (EXTASY) на медичному • Сучасні лабораторії та модернізовані простори університетського кампусу, розташованого в історичному центрі Кошице, є додатковою перевагою для студентів
Звичайна ціна навчальних програм англійською мовою – близько 4000 євро
Навчання словацькою мовою для українців безкоштовне